Stacja Hydrobiologiczna została utworzona w roku 1951 przez Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego w Łodzi, w latach 1960 - 2002 stanowiła ona własność Instytutu E kologii PAN, a po jego likwidacji została przejęta przez nowoutworzone Centrum Badań Ekologicznych. W ciągu wszystkich lat istnienia jej głównym zadaniem było umożliwienie działalności naukowej badaczom różnych specjalności, nie tylko hydrobiologom, zarówno z własnej, jak i innych, krajowych i zagranicznych instytucji naukowych poprzez oferowanie pobytu w całorocznych (12 miejsc noclegowych) pokojach gościnnych oraz domkach letnich (40 miejsc noclegowych) wybudowanych z wykorzystaniem najnowszych technologii energooszczędnych, w tym technologii inteligentnych domów, a także dostępu do laboratoriów i ich wyposażenia.

Dzięki stworzeniu warunków sprzyjających pracy terenowej, laboratoryjnej i koncepcyjnej oraz umożliwieniu wymiany poglądów i doświadczeń, Stacja obok publikacji własnego zespołu pracowników naukowych (190 prac recenzowanych, w tym 29 z tzw. Listy Filadelfijskiej), umożliwiła wykonanie ba-dań zakończonych szeregiem liczących się w świecie publikacji. Wykonane w oparciu o Stację badania gryzoni z Wyspy Dzikiej Jabłoni zaowocowały 92 publikacjami, zaś współużytkujący pomieszczenia Stacji pracownicy Instytutu Mikrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego opublikowali wyniki wykonanych na niej badań w ok. 50 pracach. Badania wykonywane przez goszczących okresowo na Stacji pracowników naukowych innych instytucji opisano w 421 publikacjach. W uznaniu zasług Stacji dla hydrobiologii polskiej, na uroczystej sesji z okazji 50-lecia placówki, Stacja Hydrobiologiczna została uhonorowana medalem im. A. Lityńskiego przyznanym przez Kapitułę Medalu Polskiego Towarzystwa Hydrobiologicznego.

Do dostępnego dla jej gości wyposażenia Stacji, należy obok aparatury specjalistycznej (analiza-tor węgla, mikroskopy, sondy ter-miczno-tlenowe, pehametry, spek-trofotometry, wagi laboratoryjne itp.) również sprzęt terenowy (czerpacze, siatki planktonowe), środki transportu wodnego (łodzie, kajaki, kuter) i lądowego (samo-chód terenowy z wyposażeniem do badań w terenie).

Do dyspozycji użytkowników Stacji są liczne pomieszczenia laboratoryjne o łącznej powierzchni 897 m 2 , w tym w pełni urządzone laboratorium chemiczne i pokój tzw. wagowy z kompletem nowoczesnych wag, magazyny służące do przechowywania odczynników chemicznych i prób formalinowanych oraz szklarnia.

Stacja posiada też dwie sale konferencyjne (na 40 i 120 osób) i przeszkloną werandę służącą jako sala wystawowa, toteż może organizować konferencje krajowe i międzynarodowe oraz warsztaty i szkolenia.

Goście mogą również korzystać z podręcznej biblioteki, gdzie obok pełnych serii wydawnictw Instytutu Ekologii oraz Centrum Badań Ekologicznych PAN znaleźć można skompletowane materiały dotyczące Wielkich Jezior Mazurskich. W bibliotece znajduje się też ogólnie dostępny komputer z dostępem do INTERNET-u.

Stacja od kilku lat rozwija program ochrony wód i atmosfery poprzez podjęcie takich działań, jak: modernizacja oczyszczalni ścieków oraz modernizacja systemu ogrzewania Stacji (zamiana źródła ciepła z lokalnej kotłowni opalanej węglem na pompy ciepła, panele fotowoltaiczne oraz kotłownię opalaną drewnem).

Stacja Hydrobiologiczna od roku 2003 funkcjonuje jako ośrodek umożliwiający wykonywanie badań kilku użytkownikom zrzeszonym w konsorcjum. Wśród użytkowników są zarówno placówki PAN (np. Centrum Badań Ekologicznych), jak i uczelnie (np. Wydziały Biologii Uniwersytetów Warszawskiego i Warmińsko-Mazurskiego, Akademia Podlaska, Katolicki Uniwersytet Lubelski). Koordynowaniem działalności naukowej, planowaniem wspólnych przedsięwzięć i podsumowywaniem całorocznych wyników badań zajmuje się Rada Konsorcjum, w skład której na równych prawach wchodzą przedstawiciele wszystkich użytkowników Stacji.

Planuje się prowadzenie w przyszłości wspólnych badań. Obecna i planowana na najbliższe lata tematyka realizowana przez zespoły badawcze Centrum Badań Ekologicznych w oparciu o Stację i posiadane przez nią wyposażenie dotyczy zagadnień hydrobiologicznych koncentrujących się na badaniach struktury, organizacji i funkcjonowania zespołów zasiedlających mikrosiedliska dna litoralu jeziornego, w tym pętli mikrobiologicznej. Funkcjonowanie mikrobiologicznej sieci troficznej (produkcja, różnorodność i zależności troficzne zespołów planktonowych) badane jest również w jeziorach humusowych. Wydajność pętli w procesach utylizacji węgla organicznego badana jest przez pracowników Zakładu Ekologii Mikroorganizmów Instytutu Mikrobiologii Uniwersytetu Warszawskiego w jeziorach o różnym stopniu eutrofizacji. Do tej samej grupy zagadnień należy badanie występowania, charakterystyki molekularnej, degradacji mikrobiologicznej oraz znaczenia ekologicznego rozpuszczonego w wodzie pozakomórkowego RNA i DNA. Struktura i funkcjonowanie bakteriocenoz w zróżnicowanych ekologicznie środowiskach wodnych, mikrobiologiczne procesy transformacji materii organicznej w wodzie i osadach dennych ekosystemów jeziornych oraz dynamika bakterioplanktonu jezior poddawanych rekultywacji i zabiegom biomanipulacyjnym badane są natomiast przez zespół Zakładu Mikrobiologii, Wydziału Biologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie.

Zainteresowania badawcze zespołu Zakładu Hydrobiologii Wydziału Biologii Uniwersytetu Warszawskiego koncentrują się wokół zagadnień wpływu roślinożerców bezkręgowych na makrofity zanurzone oraz mikrostratyfikacji i dobowych migracji skorupiaków planktonowych między skupiskami roślin a wolną wodą w jeziorze. Przedmiotem badań tego zespołu są też inne zagadnienia związane ze strukturą zespołów litoralu, takie jak: wieloletnie zmiany makrofitów zanurzonych w jeziorach mezo- i eutroficznych Poj. Mazurskiego, monitoring rozmieszczenia ryb i makrofitów w kilku jeziorach Poj. Mazurskiego przy pomocy echosondy, czy też rozmieszczenie mięczaków w jeziorach o różnej trofii.

Tematyka badań prowadzonych w oparciu o Stację dotyczy również zagadnień ekologii tzw. "lądowej" choć w powiązaniu z hydrobiologią. Są to np. badania CBE PAN nad aktywnością łowiecką nietoperzy nad jeziorami o różnej trofii i różnej roślinności przybrzeżnej, czy metapopulacji zamieszkujących archipelagi wysp na jeziorach Mazurskich.

Takich powiązań trudno natomiast upatrywać w badaniach zespołu Katedry Ekologii Krajobrazu, Wydz. Matematyczno-Przyrodniczego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Ich tematyka dotyczy bowiem: charakterystyki struktury krajobrazu mazurskiego na przykładzie obszaru miedzy Jeziorem Gardyńskim a Majczem, oceny szybkości rozkładu na łące koszonej i nie koszonej oraz oceny intensywności przepływu energii przez podstawowe poziomy troficzne typowe dla krajobrazu mazurskiego.